Se o compartilhamento do Windows for montável, você poderá fazer algo como:
mount.cifs '\winserver\share1' /mnt/winbackup
(você pode precisar adicionar argumentos para isso, como -o user=winuser,uid=localuser,gid=localuser
etc., dependendo da sua configuração / necessidades. man mount.cifs
para detalhes.)
de lá você pode simplesmente:
rsync -auz --delete /backup/dir /mnt/winbackup
ajuste os argumentos e diretórios rsync às suas necessidades.