Nem - eles estão apenas dando uma ideia diferente do uso da CPU.
A ideia de Top de CPU é "per-core" - isto é, "este programa está usando 100% de um núcleo". Um programa multithreaded pode, portanto, estar usando, digamos, "CPU de 400%" - o que faz com que os olhos molhem um pouco às vezes.
Por outro lado, sar a vê como uma porcentagem do total de CPU - assim, em um sistema de 4 núcleos, um núcleo de CPU totalmente utilizado será exibido como "25% de CPU" e o de 400% será exibido como 100%.
Há também a questão das médias instantâneas versus as médias de longo prazo, mas vou assumir que você foi responsável por isso.