Sim - um bot pode fazer o que quiser com os recursos que está reunindo, o que certamente poderia incluir a interpretação de javascript.
Veja, por exemplo, a nova exibição de miniaturas de páginas do Google nos resultados de pesquisa; muitos sites confiam no javascript para a funcionalidade básica de exibição, portanto, a interpretação de js seria uma obrigação para que se apresentassem pré-visualizações próximas da precisão.
A maneira mais fácil de saber é apenas verificar a string user-agent; bots bem comportados apenas lhe dirão o que são.