Na minha experiência, o comportamento que você descreve é normalmente causado por problemas com Path MTU Discovery - em particular, por uma rede que bloqueia pacotes ICMP. É possível que sua transferência de FTP esteja abaixo do limite de MTU, enquanto sua transferência de HTTP está acima do limite de MTU com os pacotes sendo descartados silenciosamente.
Para solucionar problemas, você deve coletar mais pontos de dados e atualizar sua pergunta. Em particular, tente fazer o download via HTTP a partir da própria máquina local, de uma máquina na mesma sub-rede e de uma máquina na Internet mais ampla. Se for um problema de descoberta de MTU do caminho, somente este último terá problemas.