duas respostas fáceis, (e as mesmas que você já mencionou):
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Uníssono se você quiser algo que "simplesmente funcione". Tem uma boa interface gráfica e você pode facilmente definir uma tarefa lá e chamar a partir da linha de comando, um script,
cron
, o que for. Eu uso para sincronizar meu laptop e minha esposa com os diretórios de usuário respectivos na área de trabalho. É realmente assim tão fácil. -
rsync
se você quiser controlar (quase) todos os aspectos. Há muitos argumentos que permitem que você respeite, modifique ou destrua as permissões, seja por número ou por nome, etc. Na verdade, raramente há necessidade de um script completo; geralmente você só precisa encontrar (por tentativa e erro) a melhor combinação de argumentos.