cgroups estão disponíveis no RHEL6, então eu suponho que o centos 6 também deveria tê-lo. Quanto à construção em si, o centos 5.6 está fora e 5.7 deve estar a caminho, pois o RHEL5.7 está disponível. Por que 5.3? Isto é especialmente importante para o kvm, porque foi feito com suporte no 5.4, e cada atualização melhorou muito. Com o 5.3, você está por trás não apenas da maioria das atualizações críticas, mas também de uma compilação na qual o kvm nunca foi suportado.
E para responder à sua pergunta - legal é a melhor opção que você tem com o ramo 5, a menos que você queira backportar os cgroups para o 2.6.18. você também pode usar o taskset para fixar as VMs priorizadas em CPUs que nenhuma outra VM teria, mas o IMO é um exagero