Você precisa criar pelo menos dois pools de aplicativos separados - para duas estruturas diferentes. Em seguida, atribua cada aplicativo para ser executado no pool apropriado.
Esses links podem ajudar também:
Eu tenho serviços da Web ASP.NET e aplicativos da Web ASP.NET em execução no .NET Framework 1.1 hospedado em uma máquina Windows Server 2003 IIS 6.
Eu tenho um novo aplicativo que requer no .NET 4. Até que eu instalei o ASP.NET framework 4.0, ele estava funcionando bem.
Agora, meus aplicativos do .NET Framework 1.1 falharam.
Como você pode configurar uma instância do IIS 6 para executar 2+ aplicativos, cada um exigindo versões diferentes da estrutura .NET?
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