WinSCP tem um lote / script sincronizar parece fazer o que você deseja.
Estou procurando um script em lotes para automatizar o upload de arquivos MULTIPLE por vez para um site externo ftps (ftps: //servername.xxxx.com). Os arquivos estão localizados em uma pasta em um Windows Server 2008 sistema.Se possível, o script em lote também precisa verificar se os arquivos já não existem na pasta remota para evitar a sobrescrita. Muito obrigado.
WinSCP tem um lote / script sincronizar parece fazer o que você deseja.
Eu escreveria um programa Java pequeno (menos de 50 linhas) usando os utilitários Apache Commmons Net e, em seguida, iniciaria esse processo no seu arquivo de lote. Esta é a maneira que eu faço, embora eu atualmente faça isso via protocolo HTTPS, o FTPS deve ser possível sem muito problema.
Se isso ajudar, e você precisar de um exemplo aproximado desse tipo de coisa, eu postei uma postagem no blog com meu código em: link