A resposta de jl é boa. Eu também consideraria olhar para sua estratégia de inserção. Você poderia, talvez, aproveitar as eficiências obtidas por Inserções em massa ? Se as Inserções em massa não forem sua resposta, o corte do seu trabalho em lotes de inserções, como sugerido por jl , provavelmente é o caminho a seguir.
Uma outra coisa a considerar é eliminar seus índices antes de inseri-los e recriá-los após a inserção. Para um trabalho tão intensivo, isso poderia reduzir significativamente o tempo para executá-lo. ( Veja aqui )