O md5sum é provavelmente o mais fácil e compare os resultados. Você pode roteirizar isso se for feito com frequência, mas, como se fosse um, você pode fazer o seguinte manualmente.
No linux:
md5sum [first file]
Pegue esse hash (via copy / paste) e:
md5sum * | sort | grep -v [first hash]
Isso deixará qualquer coisa com um valor de hash diferente.