Acho que parece estar resolvido:
Uma das pastas que compartilho pelo Ubuntu One é a pasta de imagens no diretório do usuário. Dentro dessas pastas de imagens, havia uma pasta oculta chamada .trash-info ou .trashinfo. Dentro dessa pasta havia duas subpastas, chamadas "info" e "files". a pasta de arquivos continha o arquivo, que parecia estar sincronizado. (Eu acho que a pasta .trash-info foi criada movendo algumas fotos na lixeira do shotwell.)
Então eu apaguei a pasta .trash-info. Mas o que houve? Ele reapareceu instantaneamente! Eu tive que deletar a pasta .trash-info várias vezes no meu computador local e na interface web do Ubuntu One antes que ela finalmente desaparecesse.
A partir daí, não recebi mais notificações inúteis. : -)