De todas as informações que você postou, tenho 99% de certeza de que são apenas as consultas do T-SQL que estão sendo executadas. Eu apostaria o dinheiro que é código gerado consultas e algo está emitindo uma consulta com mil JOINs ou similares.
Faça com que os desenvolvedores façam o perfil de suas consultas; Aposto que uma função ou outra leva uma quantidade de tempo absolutamente excessiva e é a causa raiz do pico da CPU.