Eu tive o mesmo problema que você - combine as possibilidades foobar2000 com algo do mundo Linux.
Eu tentei tudo que pude para nenhuma solução. Atualmente estou usando o MPD com o Sonata, e novos arquivos chegam ao banco de dados MPD depois de processar, marcar, mover com o foobar2000 no Wine.
Não existe um pacote semelhante no Linux. Deadbeef tem talvez 10% da funcionalidade foobar2000 (bom conversor incluído)
Para o seu problema em particular (movimento ...), e talvez algo mais tente Ex Falso. Tem opção para renomear arquivos (mover) baseados em tags