Em vez de usar um RequestCond ( RewriteCond photos/../$ !-f
), usei dois. O primeiro para verificar se o REQUEST_FILENAME corresponde ao regex e o segundo para verificar se o arquivo não existe. Isso está funcionando bem para mim.
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} photos/../.+
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteRule ^photos/../(.+)$ https://%{HTTP_HOST}/create_thumbnail?file=$1