Não, o Exchange não o exclui. Você pode usar a versão do Datacenter bem. Não é oficialmente suportado, no entanto. Se você tiver uma licença para o datacenter, poderá fazer o downgrade de sua instalação para o Enterprise, se desejar. Você também pode executar licenças Enterprise / Standard virtualizadas como VMs em um sistema com licença do Datacenter sem requisitos adicionais de licença.
Apenas certifique-se de usar pelo menos 2008 x64 SP2 ou 2008 R2.
Editar: adicionou informações adicionais
Editar 2: De acordo com este link da Technet , o Exchange 2010 SP1 oferece suporte à edição do Datacenter. O RTM Exchange 2010 não parece oficialmente suportá-lo, no entanto, se você clicar no link do Exchange 2010 à direita em Mais recursos.