Em primeiro lugar, não há razão para não tratar uma máquina virtual da mesma maneira que você faria em uma máquina física. Ainda assim, como esses são os servidores dos quais estamos falando, a solução tradicional seria manter os arquivos e servidores de e-mail propensos a vírus constantemente protegidos e executar varreduras periódicas no restante, mantendo as máquinas clientes o mais seguras possível. são o ponto de entrada para os vírus depois de tudo.
Se você mantiver as configurações de VM v-disk ideais (discos brutos / pré-alocados, em LUNs rápidos, snapshots mantidos no mínimo e, é claro, virtio, usando os drivers mais recentes), as VMs devem estar bem com varreduras antivírus.