Se você executar principalmente aplicativos padrão (compartilhamento de arquivos do Windows, http, dns, etc), provavelmente desejará a otimização da camada de aplicativos. Se você executar aplicativos proprietários, você desejará a otimização TCP. Isso realmente depende do seu tráfego.
Melhor aposta; obter algumas unidades de demonstração e experimentá-los. Veja se faz alguma diferença. As chances são de que não valerá o custo, mas tudo depende do tipo de rede que você tem.