Você tem em seu /etc/apache2/apache2.conf:
# Include the virtual host configurations:
Include /etc/apache2/sites-enabled/
ServerName main_site
DocumentRoot /var/www
NameVirtualHost *:80
Mova o NameVirtualHost antes de incluir configurações de hosts virgens. Deveria ser como segue:
NameVirtualHost *:80
# Include the virtual host configurations:
Include /etc/apache2/sites-enabled/
Além disso, você não precisa do NameVirtualHost * em seu arquivo host virtual padrão.