Você tem a indexação de conteúdo ativada no DNN? Pode ser DNN executando um índice do conteúdo do seu site. Essa indexação é executada em segundo plano e geralmente ocorre em momentos em que você não tem outra atividade de tráfego que atinja o banco de dados.
Eu recomendaria configurar um rastreamento do SQL Server Profiler no seu banco de dados e ver o que está acontecendo durante os tempos de pico.