Isso realmente depende do software que você está usando para as conexões FTP.
O PAM é definitivamente unidirecional, uma vez que ele lida com a autenticação do sistema, a maioria dos aplicativos ftp podem ser configurados para usar o PAM, que pode manipular a autenticação de um banco de dados.
Dois com quem trabalhei extensivamente são ProFTPD e vsftpd Há muito mais por aí. O que você está procurando é mais comumente chamado de usuários virtuais. (basicamente usuários que não fazem parte do sistema; alguns até criam usuários virtuais usando os arquivos passwd do sistema)
Acho que a melhor abordagem é descobrir qual painel de controle baseado na web você usará e ver quais servidores ftp eles suportam. Alguns suportam dois ou três e alguns apenas suportam um.