Então ... esta é realmente uma questão interessante.
Primeiro vou lhe dizer por que não vai funcionar, então eu vou te dizer como isso pode funcionar. : -)
Seu "SO" (mais especificamente seu kernel) fornece todas as interfaces necessárias para seus dispositivos. Incluindo seus arrays de disco. Também mantém uma lista de descritores que informam aos processos para onde enviar seus dados.
Então, quando você fala sobre "hot swapping" em seu "SO", você está realmente pedindo para substituir seu kernel (e todas as suas bibliotecas e configurações associadas) durante as operações. Você pode ter um sistema operacional em operação e outro armazenado em um dispositivo. Mas você não pode hotswap um kernel padrão durante a operação.
MAS, você pode ver uma nova tecnologia chamada ksplice . Seu objetivo é oferecer um kernel sem reinicialização. Eu não estou familiarizado com sua implementação atual, ou como o ksplice está estável atualmente, mas você deve começar o caminho certo. E a Canonical é até um dos seus principais apoiadores!
Boa sorte!