Suponho que você espera que o maior ganho da dedup venha da parte do sistema operacional das imagens da VM. Nesse caso, se suas VMs não forem clones umas das outras, então eu diria que 128 KiB é um bloco muito grande para uma dedução ideal. Se o seu gargalo é a rede e a desduplicação mais eficiente seria útil, eu iria para baixo. Se você estiver desduplificando imagens de disco, o tamanho ideal seria a unidade mínima de alocação no nível do SO da VM. No Linux, esse é um bloco de 4KB (por padrão) nos sistemas de arquivos ext3 e ext4. Com tamanhos de bloco maiores, preste atenção ao particionamento, você pode ter sistemas idênticos deslocados pela metade do tamanho do bloco de deduplicação devido a diferentes layouts de disco virtual.
É difícil dar uma resposta melhor com uma pergunta bastante vaga.