Para o MyISAM, cada tabble é composto por .frm, .MYD e .MYI. São três identificadores de arquivos por tabela MyISAM.
Arquivos temporários no MyISAM podem ser abertos e fechados com freqüência.
Para o InnoDB (Mecanismo de Armazenamento de Reclamações ACID), pode haver muitos encadeamentos.
O buffer pool do InnoDB para gerenciar.
Se innodb_file_per_table estiver desativado, você tem tópicos para o seguinte:
Lendo / atualizando os metadados no ibdata1
Lendo / atualizando páginas de dados no ibdata1
Leitura / atualização de páginas de índice no ibdata1
Lendo / atualizando dados do MVCC (Multiversioning Concurrency Control) no ibdata1
Lendo / atualizando dados do MVCC em ibdata1 em ib_logile0 e ib_logile1 (Redo Log Info)
Se innodb_file_per_table estiver ativado, você tem tópicos para o seguinte:
Lendo / atualizando os metadados no ibdata1
Leitura / atualização de páginas de dados em arquivos .ibd
Leitura / atualização de páginas de índice em arquivos .ibd
Lendo / atualizando dados do MVCC (Multiversioning Concurrency Control) no ibdata1
Lendo / atualizando dados do MVCC em ibdata1 em ib_logile0 e ib_logile1 (Redo Log Info)
Desde que nada esteja quebrado, você está bem.
Eu recomendaria a seguinte leitura para você:
Guia de Estudo da Certificação MySQL 5.0
ISBN 0-672-32812-7
Capítulo 23 Páginas 355-357 Seção 23.5: Como o MySQL usa memória
Capítulo 29 Páginas 408-412 Seção 29.2: O mecanismo MyISAM
Capítulo 29 Páginas 414-432 Seção 29.4: O mecanismo do InnoDB -