AFAIK, não há editor que possa fazer isso.
Embora existam vários programas que podem abrir arquivos de dentro de um zip, eles geralmente fazem isso extraindo o arquivo e salvando-o em um local temporário (na memória ou no disco). O arquivo zip em si nunca é alterado.
Alterar o conteúdo do arquivo exigiria que o conteúdo do zip fosse extraído, alterado e compactado novamente - automatizando o processo a que você se refere. Não conheço nenhum editor do Mac OS que faça essa automação.
A exceção é o caso em que você realmente monta o arquivo como um sistema de arquivos, o que, acredito, pode ser feito usando o FUSE com o extensão fuse-zip (consulte MacFuse para uma GUI). Mas isso pode ser um exagero para suas necessidades.