A primeira maneira que você tentou, especificando o nome do script com "% username%" provavelmente não voará. Tenho certeza de que a expansão da variável de ambiente dentro da Extensão do Cliente (CSE) da Diretiva de Grupo "Scripts" não funcionará. Eu não tenho nenhuma documentação que diga de uma forma ou de outra, mas eu acho isso altamente duvidoso.
A segunda maneira que você está tentando, chamando um "logon.bat" do CSE e, nesse script, chamando "% username% .bat" deve funcionar, desde que você possa obter o caminho para "% username%. bat "certo. Eu chamaria assim:
call %0\..\%username%.bat
Que deve obter o arquivo "% username% .bat" localizado no mesmo diretório que o script "logon.bat" para executar.
Por fim, certifique-se de que seus usuários não têm direitos de "Administrador" se você estiver executando o Windows Vista ou o Windows 7 em seus computadores clientes. Se você é, e eles fazem isso, unidades que são "mapeadas" durante o script de logon não serão visíveis no Explorer por padrão. (Você pode obter algum conhecimento sobre isso aqui: Script de mapeamento de rede (VBS) Vista não funciona, XP faz )