Se você tiver acesso à configuração do seu host virtual:
Redirect 301 /cgi-bin/link.cgi http://www.mysite.com
Se você não tem acesso à configuração do seu host virtual, provavelmente está sem sorte, pois é provável que a configuração do seu servidor da Web contenha algo assim:
ScriptAlias /cgi-bin/ /usr/lib/cgi-bin/
<Directory "/usr/lib/cgi-bin">
AllowOverride None
...
</Directory>
... o que significa que arquivos .htaccess serão ignorados no diretório cgi-bin ...
Como último recurso, você pode tentar colocar o seguinte em link.cgi:
#!/usr/bin/perl
print "Location: http://www.mysite.com\n\n";