Em geral, a resposta que você procura é o Active Directory.
O Active Directory está instalado em (pelo menos um) servidor da empresa, conhecido como Controlador de Domínio. O Active Directory lida com usuários / grupos e muito mais. É um sistema muito poderoso e complexo. Você precisará perguntar algo mais específico para obter uma boa resposta.
Os desktops individuais são "vinculados" a um domínio do Active Directory. As versões não domésticas do Windows suportam isso imediatamente. Você pode ingressar no domínio manualmente em cada máquina usando a guia do nome do computador em Propriedades de Meu computador ou, para grandes organizações, faz isso automaticamente quando as áreas de trabalho são configuradas pela primeira vez.
A implantação de software em cada máquina é uma questão diferente com várias respostas possíveis. Para começar, consulte a Política de Grupo e o Microsoft System Center.