Quase não há diferença entre empresa e profissional. A Enterprise é apenas profissional com o Bitlocker adicionado e alguns ajustes de licença para torná-lo mais palatável para o cliente corporativo. Ele é normalmente enviado para quem compra o Windows 7 com Software Assurance por meio de contratos de licença por volume.
Não deve haver diferença no comportamento do UAC nesses dois. A configuração padrão impedirá a gravação em Arquivos de Programas nos dois casos.
Algumas reflexões sobre o que observar: se você está executando touch , posso presumir que está concorrendo com o Cygwin? Verifique se você está executando os dois shells em execução, se as configurações do UAC são idênticas (após uma reinicialização) e se não há nenhum aplicativo de diretiva de grupo no caminho. (Embora seja estranho para um GPO diferenciar entre duas edições do Windows, elas podem estar em UOs diferentes no seu domínio por algum motivo).