Não há problema. Lembre-se de que o HAProxy está simplesmente encaminhando CONNECTIONS e não importa qual é o URL (a menos que você tenha configurado regras para filtrar por URL).
É o Apache (ou qualquer servidor da Web que você esteja usando) que precisa ser configurado com os hosts virtuais. Deve haver um host virtual diferente para cada domínio que você deseja usar.
Uma configuração padrão do HAProxy carregará todas as solicitações, independentemente do URL, por exemplo:
global
log 127.0.0.1 local0
log 127.0.0.1 local1 notice
maxconn 4096
daemon
defaults
log global
mode http
option httplog
option dontlognull
retries 3
redispatch
contimeout 5000
clitimeout 50000
srvtimeout 80000
listen http_proxy HAPROXY_SERVER_IP:80
mode http
balance roundrobin
option httpclose
option forwardfor
cookie SERVERID insert indirect nocache
server web01 WEBSERVER1_IP:80 cookie web01 check
server web02 WEBSERVER2_IP:80 cookie web02 check
A configuração de hosts virtuais no Apache é uma tarefa muito comum e você pode encontrar facilmente algumas informações sobre isso com uma rápida pesquisa no Google, caso não tenha certeza.