Primeiro, faça isso:
chmod 755 sites/default
A saída que você está vendo é porque você não ter permissão de execução no diretório:
$ mkdir -p foo/bar
$ touch foo/bar/a foo/bar/b foo/bar/c
$ ls -l foo
total 4
drwxr-xr-x 2 thedward thedward 4096 2011-01-11 10:28 bar
$ ls -l foo/bar
total 0
-rw-r--r-- 1 thedward thedward 0 2011-01-11 10:28 a
-rw-r--r-- 1 thedward thedward 0 2011-01-11 10:28 b
-rw-r--r-- 1 thedward thedward 0 2011-01-11 10:28 c
$ chmod 644 foo/bar
$ ls -l foo/bar
total 0
-????????? ? ? ? ? ? a
-????????? ? ? ? ? ? b
-????????? ? ? ? ? ? c
$ chmod 755 foo/bar
$ ls -l foo/bar
total 0
-rw-r--r-- 1 thedward thedward 0 2011-01-11 10:28 a
-rw-r--r-- 1 thedward thedward 0 2011-01-11 10:28 b
-rw-r--r-- 1 thedward thedward 0 2011-01-11 10:28 c