O IIS6 não tem uma solução para excluir logs com base na lógica condicional. O IIS7 faz ( link ).
Você pode desativar as pastas do log, portanto, é possível excluir logs, desde que estejam em suas próprias pastas. Ou seja, você pode desativar o registro de suas imagens e tal.
No IIS6, você pode fazer com que seu aplicativo de estatísticas os exclua. Também comprima todos os logs. Eles compactam bem.
Finalmente, se você realmente precisar, você pode usar o Log Parser para ler os logs e gravar apenas as linhas importantes em outro arquivo de log. Em seguida, exclua os logs do IIS diariamente e use sua cópia do Log Parser.