Ter a máquina Samba em ambas as VLANs é um pouco estranho. Servidores SMB multi-homing podem ser problemáticos e geralmente devem ser evitados. Mesmo que esta máquina esteja agindo como um roteador entre suas sub-redes, eu configuraria o Samba para ouvir apenas em um único IP.
Um servidor WINS deve limpar os problemas de resolução de nomes do NetBIOS.
Configure seu servidor Samba como um servidor WINS (usando a diretiva de configuração global wins support = yes
em smb.conf) e instrua os clientes a usarem o servidor Samba como servidor WINS (de preferência distribuindo os "servidores de nome netbios" "opção definida para o endereço IP do servidor Samba em seus escopos DHCP).
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