O problema com o backup não é tanto escolher a ferramenta, mas sim gerenciar os arquivos de backup resultantes:
- incremental ou completo?
- onde você os armazena? no disco? na banda? localmente? em uma instalação especializada?
- por quanto tempo?
- outros critérios também podem ser aplicados
O VCS não é bom no backup porque:
- lida com diffs binários
- se você tiver muitos arquivos que não deseja fazer backup (porque é possível regenerá-los facilmente), eles farão parte de um dos commits por hora e, em seguida, é difícil remover esse commit (VCS é projetado para manter o histórico)
Está melhor com algumas ferramentas de backup incremental clássicas, gerenciado por exemplo, com um cron job .
Outras ferramentas são mencionadas nesta questão .