É assim que eu faria
Eu configuraria uma replicação simples do MySQL em uma VPN.
O processo de replicação é bastante simples e você pode usar um utilitário como o OpenVPN.
Esta é a maneira mais simples e fácil de pensar.
Este é um tutorial para configurar a replicação no Fedora 10 (o processo será praticamente o mesmo)
Veja como configurar um OpenVPN link
Você pode usar um MySQL Replication Monitor para garantir que o processo esteja sendo executado como deveria.