Se todos os servidores da web estiverem executando o mesmo aplicativo ou conjunto de aplicativos, usar as máquinas físicas diretamente será mais eficiente, notavelmente na maioria dos casos e significativamente em alguns. O SO no host físico será capaz de balancear a memória e a CPU entre os processos de forma mais eficaz e não haverá nenhum impacto no desempenho devido à (s) camada (s) de virtualização.
Se você tivesse um servidor que estivesse se dividindo, então você tiraria vantagem da separação: o software em uma das VMs poderia cair completamente e os outros tentariam ocupar a folga devido ao balanceamento de carga - mas se você tem três servidores físicos, você tem essa vantagem de qualquer maneira.