O PyGTK foi discutido recentemente na recente Semana de desenvolvedores do Ubuntu Apps .
Em resumo, o PyGTK foi efetivamente obsoleto em favor do pyGT. Isso é por causa do Unity, Gnome3 e do próximo GTK3.
Portanto, ao que parece, se você quiser que seu aplicativo seja suportado em plataformas mais novas (não apenas no Ubuntu), então você precisará refazer um pouco seu código, compilando contra bibliotecas pyGI e não pyGTK.