Sim, o Samba mapeia as ACLs do NTFS para POSIX ACL - apenas certifique-se de que seu disco esteja montado com a opção ACL
você precisa de map inherit acls = true
na seção de compartilhamento de arquivos de sua configuração do samba.
Eu recomendo este livro: link
Hoje é meio velho, mas tudo o que diz é verdade.