Não, isso não é normal; você deve ter três externsions do ASP.NET: 1.1, 2.0 e 4.0.
Qual aspet_regiis você tentou? O 2.0 um ou o 4.0 um?
Este é um servidor x86 ou x64?
Para x86, execute C:\Windows\Microsoft.NET\Framework\v2.0.50727\aspnet_regiis.exe -ir
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Para x64, execute C:\Windows\Microsoft.NET\Framework64\v2.0.50727\aspnet_regiis.exe -ir
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