Não, alterar o arquivo em si não causa uma reciclagem AppDomain, como editar web.config ou machine.config.
No entanto, algumas configurações, como padrões do pool de aplicativos, configurações globais ou módulos http, causam uma reciclagem AppDomain.
Apenas adicionar configurações nas tags de localização na parte inferior ou fazer configurações gerais não causará uma reciclagem AppDomain. Todas as alterações específicas do site afetarão, no máximo, o único site.