A primeira coisa a verificar é se isso gerou algum processo adicional (você tem o pstree disponível?). As funções exec do PHP estão ativadas?
Outras coisas para ver se você tem keepalives ativados e se maxRequests está configurado para um valor sensato. Os threads estão ociosos ou processando coisas?
O PHP está falando com um backend de banco de dados? Uma vez que o encadeamento de execução entra no cliente do banco de dados, as restrições do PHP com relação ao uso de memória e limites de tempo não são mais aplicadas até que o encadeamento retorne ao PHP. Você está vendo consultas lentas no seu banco de dados?
Outras coisas que valem a pena verificar são se o MTA está configurado corretamente - por exemplo, se você estiver usando o sendmail com um relé inteligente e o endereço que você configurou estiver errado, então a função mail () do php pode bloquear por longos períodos.
A resposta de Rob Olmos a respeito do comentário de Rasmus Lerdorf foi feita 6 anos atrás enquanto ainda pode haver alguma verdade na declaração, não é provável que se aplique às extensões mainstream.
Você não disse qual SO você está usando - IMHO os benefícios do threading no Linux em comparação com o pré-forking são dificilmente detectáveis.
Certamente, se você esgotou os outros caminhos e não tem uma razão convincente para ficar com o apache encadeado, vale a pena experimentar o pré-fork - mas primeiro procure em outro lugar.