É responsabilidade da sua equipe de segurança informar a solução antivírus que eles gostariam que você usasse, se eles forem obrigatórios. Dito isto, o Avast! ofereça uma solução WinCE AV se você não puder discuti-las em uma posição razoável, e a McAfee ainda pode oferecer uma também.
Os dispositivos móveis geralmente não executam AV. Pergunte a eles que antivírus está sendo executado nos dispositivos BlackBerry ou smartphones com Wifi.
O WinCE tem um excelente histórico de segurança. É muito bem assada no hardware, roda uma arquitetura quase sempre separada em outras construções do Windows e, pelo que sei, quase não há exemplos, se houver, de grandes explorações WinCE em estado selvagem.