O macports apache vem com um arquivo LaunchDaemon para o launchd usar, então a coisa "correta" a ser feita não é usar a opção de compartilhamento da web e, em vez disso, executar
sudo launchctl load -w /Library/LaunchDaemons/org.macports.apache2.plist
Isso garantirá que ele inicie na inicialização do sistema e toda essa qualidade. Com isso, não toque no que está no painel de compartilhamento.
Para responder à sua pergunta: Httpd tem um conceito compilado de onde fica a casa, então é só tirar o estoque do httpd do caminho e fazer um link simbólico para o macport httpd parece funcionar para enganar o painel de compartilhamento para iniciar o macports apache em vez da versão de estoque.
sudo mv /usr/bin/httpd /usr/bin/httpd-stock
sudo ln -s /opt/local/apache2/bin/httpd /usr/bin/httpd
Novamente, essa não é a maneira correta de fazer isso, mas parece que funciona, pelo menos na minha caixa do Leopard. Não tentei com o Snow Leopard. Espero que eles funcionem de forma semelhante e eu não o tenha conduzido apenas na direção errada.