Você pode controlar isso pelas políticas de grupo, mas isso depende da versão do sistema operacional. O Windows 7 tem um bom recurso chamado Applocker que permite criar Regras do Windows Installer & diga coisas como permitir que este instalador seja executado a partir deste editor. Existem algumas políticas de grupo no XP para permitir que usuários comuns fiquem com níveis elevados Instale privilégios, mas acho que é apenas para coisas implantadas via instalador do Windows (ou seja, MSI).
Dependendo do que você está tentando alcançar, pode ser mais fácil atribuir / publicar o aplicativo completamente por meio da política de grupo.