Existem muitas razões para isso. Seu primeiro lugar para procurar seria qualquer coisa relacionada a E / S (disco), pois esse é o componente mais lento de qualquer sistema. Se você executar top ao acessar um dos sites e observar que o valor de %wa é consistentemente alto (50% + para um sistema de 2 CPUs), é provável que você esteja saturando seus discos. Você também pode executar vmstat 1 , o que lhe dará um melhor detalhamento do que seu sistema está fazendo. O valor wa (geralmente a segunda última coluna sob o cabeçalho cpu ) é o mesmo que o de top . Você poderia estar sem memória RAM e, portanto, trocar ou seu banco de dados poderia estar atingindo os discos com muita freqüência. Nesse caso, recomendo aumentar a RAM na VM.
O segundo lugar para procurar é a contenção da CPU. Se a sua CPU estiver constantemente alta entre os valores do usuário e do sistema ( us e sy valores no vmstat), você provavelmente precisará de mais CPUs no sistema.
A contenção de CPU e E / S normalmente é a causa do baixo desempenho. Como você pode ver a partir desta resposta, não há solução simples. Entre top , vmstat e até iostat , você deve ser capaz de identificar o que seu sistema está fazendo.