É mais provável que seja substituído em ~/.bashrc . Esse é o caso no meu sistema. Eu adicionei a seguinte linha ao topo do meu ~/.bashrc :
echo $TERM >> /tmp/bashrc.out
em seguida, iniciou screen e fez isso:
$ cat /tmp/bashrc.out
screen
$ echo $TERM
xterm-256color
$ grep -n TERM ~/.bashrc
1:echo $TERM >> /tmp/bashrc.out
33:export TERM=xterm-256color