Eu começaria minha descoberta se o problema está no Apache ou se o problema está no MySQL. Para fazer isso com o Apache, você pode ver os tempos de resposta do Apache em ms com a opção% ... D em mod_log_config . Para o MySQL, você pode monitorar os tempos das consultas. O Log de Consultas Lentas é uma maneira de fazer isso para o MySQL. Outra maneira de ver se é o MySQL de um ponto de vista mais frontal é ver se o Apache está lento servindo apenas conteúdo estático. Se um destes está demorando mais do que você esperaria do que você sabe para onde ir a partir daí.
Você também pode verificar a utilização de recursos do sistema com ferramentas como top, vmstat e iostat. Por último, você também pode atualizar seus módulos de idioma (por exemplo, mod_php) e seu problema pode estar lá também (ou até mesmo problemas de rede, etc.).