Não tenho certeza sobre o rdiff-backup, mas tenho executado rsnapshot com êxito contra uma conta de hospedagem compartilhada (como o Dreamhost) no passado. O Rsnapshot é bastante semelhante em operação ao rdiff-backup e seu único requisito é que o rsync exista no sistema remoto. Você já tentou executar o rdiff-backup contra a conta DH? Não haveria mal em tentar. Se você não conseguir fazê-lo funcionar, experimente o rsnapshot.