Sim. VPNs e HTTP / HTTPS usam portas totalmente diferentes, portanto, enquanto seus sites estiverem sendo executados em :80 , suas VPNs (IPSec, L2TP, PPTP, qualquer que seja o seu gosto) serão executadas lado a lado.
No entanto, se o acesso remoto ao SQL Server for sua meta final, essa é uma maneira muito ampla de lidar com isso. Uma vez que eles tenham acesso VPN ao seu servidor, sem configuração adequada e firewalls, eles poderão acessar todos os recursos em seu servidor. É por isso que a maioria das VPNs é gerenciada por um firewall separado, para que você possa controlar o que e onde os usuários de VPN vão.
Outra solução pode ser configurar o firewall para permitir apenas o acesso ao servidor SQL a partir de hosts remotos que o exigem, filtrando-o por endereço IP.