não é um problema de configuração do php ou um problema do apache. apenas uma armadilha de programação.
Ao fazer o upload ou criar novos arquivos com PHP, sempre usará "umask" padrão. se você não forneceu umask correta ou CHMOD de arquivo, ele pode não ser acessado por outros aplicativos, mesmo o apache. (porque é feito pelo seu código)
aqui está o link para umask & chmod.
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Tente resolver o problema com o código php. como: logo após você carregar ou criar novo arquivo, mude o chmod do arquivo.
chmod("/somedir/somefile", 0644);
desta forma é melhor, eficiente, compatível.