Acabei de ter um problema semelhante. Eu adicionei o usuário usando pure-pw useradd e recebo 530 Login authentication failed .
A solução foi um link simbólico adicionado ao diretório /etc/pure-ftpd/auth apontando para /etc/pure-ftpd/conf/PureDB (existe um caminho para o arquivo que mantém usuários ftp) que mostra em ordem alfabética antes de outros arquivos em auth , por exemplo
cd cd /etc/pure-ftpd/auth/
ln -s ../conf/PureDB 50PureDB
então ls retorna:
50PureDB -> ../conf/PureDB
65unix -> ../conf/UnixAuthentication
70pam -> ../conf/PAMAuthentication